Ο Ευστάθιος Ξαφάκος είναι απόφοιτος της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας και του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης Θεσσαλονίκης. Είναι κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος, διδάκτορας στην Οργάνωση και Διοίκηση της Εκπαίδευσης, και στη Μεθοδολογία Εκπαιδευτικής Έρευνας (Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης Πανεπιστημίου Θεσσαλίας) και μεταδιδακτορικός ερευνητής στο ΕΚΠΑ.
Έχει συμμετάσχει ως εισηγητής σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια, όπως ακόμη έχει δημοσιεύσει επιστημονικά άρθρα σε διεθνή και ελληνικά περιοδικά σχετικά με τη σχολική ηγεσία, το σχολείο ως οργανισμός που μαθαίνει, τα συνεργατικά δίκτυα των εκπαιδευτικών και το καινοτομικό σχολικό κλίμα.
Είναι Διευθυντής στο 11ο Δημοτικό Σχολείο Γιαννιτσών, ενώ παράλληλα διδάσκει ως συμβασιούχος στην ΑΣΠΑΙΤΕ Κοζάνης και στο τμήμα Θεατρικών Σπουδών στο Ναύπλιο (στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα).