Ο Αθανάσιος Μιχάλης σπούδασε φιλολογία με ειδίκευση στη γλωσσολογία στο Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Σε διδακτορικό και μεταδιδακτορικό επίπεδο εξειδικεύτηκε στη μεθοδολογία διδασκαλίας της πρώτης / πρότυπης γλώσσας. Από το 2005 ως το 2019 έχει διδάξει ως λέκτορας και ως επίκουρος καθηγητής γνωστικά αντικείμενα της ειδικότητάς του στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου (ΠΤΔΕ) και στο ΕΚΠΑ (Τμήμα ΦΠΨ), ενώ σήμερα υπηρετεί στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης). Έχει διδάξει, επίσης, σε προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών στα Τμήματα  Φιλολογίας, ΦΠΨ, Παιδαγωγικό Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης και ΠΤΔΕ του ΕΚΠΑ, στο ΠΤΔΕ του ΔΠΘ, στο ΠΤΔΕ και στο ΤΕΠΑΕΣ του Πανεπιστημίου Αιγαίου, σε επιμορφωτικά προγράμματα εκπαιδευτικών πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.

Έχει δημοσιεύσει δύο βιβλία και περίπου εβδομήντα άρθρα σε επιστημονικά περιοδικά, πρακτικά συνεδρίων και συλλογικούς τόμους.